As seleções do PROUNI são feitas em duas etapas principais:

1. Inscrição: Os candidatos interessados em concorrer às bolsas do PROUNI devem se inscrever no site oficial do programa durante os períodos de inscrição, que geralmente acontecem duas vezes por ano. Durante a inscrição, os candidatos devem informar seus dados pessoais, informações sobre a renda familiar e o desempenho no Exame Nacional do Ensino Médio (ENEM) mais recente.

2. Análise e Seleção: Após o término do período de inscrição, o sistema do PROUNI realiza uma análise automatizada dos dados dos candidatos. Essa análise leva em consideração critérios como a renda familiar, entre um salário mínimo e meio e três salários mínimos por pessoa e o desempenho no ENEM. Com base nesses critérios, são selecionados os candidatos que atendem aos requisitos para receber uma bolsa do programa.

É importante ressaltar que as bolsas do PROUNI são distribuídas de acordo com a disponibilidade de vagas nas instituições de ensino participantes e seguindo os critérios estabelecidos pelo programa. Os candidatos selecionados são então convocados para realizar a matrícula na instituição onde foram contemplados com a bolsa.